Plantas y árboles importantes y característicos de San Rafael se han perdido, por lo que investigadores trabajan en su rescate.
A decir del Cronista e historiador Carlos Alberto Fernández Callejas destacó que debido al crecimiento las zonas productivas como ganaderas, plataneras y citrícolas, se han perdido otras que en su momento fueron pieza fundamental en el desarrollo del municipio.
Puntualizó que ya se han realizado trabajos sobre este tema, con las nuevas investigaciones se enriquecerá lo ya obtenido en el pasado.
Finalizó comentando que aún se pueden encontrar especies como el cacao y la vainilla, en comunidades como el Ejido Vega de San Marcos, Sonzapotes, Tres Encinos, la Rivera de la Puntilla Chica, por mencionar algunas.
