En el Centro de las Artes de Querétaro, sede de la Secretaría de Cultura del Estado, Ubaldo Neftalí Sáenz Bárcenas, cronista del municipio de San Juan del Río, habló sobre «La zona arqueológica del Cerro y barrio de la Santa Cruz en San Juan del Río» en «Lunes de Cronistas».
Durante su intervención, hizo saber que, estudios han reconocido la existencia de grupos humanos asentados en los valles, la sierra y el semidesierto. En los valles se ubica San Juan del Río, demarcación que forma parte del Bajío, caracterizada por su fertilidad y disponibilidad de agua; y, sobre las márgenes del Río San Juan están situados los asentamientos agrícolas más antiguos del estado de Querétaro.
Habitantes del valle de San Juan del Río estuvieron vinculados con las culturas del altiplano y occidente de México. En el área que ahora abarca la superficie municipal de San Juan del Río, situada en la orilla del río homónimo, han sido encontrado vestigios de una antigua cultura, la Chupícuaro, tal situación afirma que la zona fue habitada en el Siglo V antes de la Era Común, hacia el Año 400 a.C., que a su vez, fue cuando inició la labor constructiva de dicho sitio. Antiguos pobladores eran recolectores sedentarios, portadores de una forma de vida compleja, considerados como una de las sociedades más antiguas del altiplano, después de grandes avances agrícolas se agruparon en la región en torno al cerro de la Cruz, su ocupación comenzó cerca del año 500 d.C. El historiador sanjuanense; Rafael Ayala Echávarri, en su libro «San Juan del Río: biografía e historia», identifica al cerro de la Cruz con el topónimo Techimaci (peña blanca, fuerte y redonda de los Mecos). Aunque también han sido hallados otros topónimos que parecen aludir al cerro previamente citados, como son: Texmaccu, Texmachu y Anttaxmachu, pero no se han identificado lingüísticamente ninguno de ellos: se piensa que son topónimos otomíes. La última etapa constructiva en la cima de este cerro fue entre los años 1,100 y 1,200 d.C.
Sobre la toponimia y población indígena de San Juan del Río en el siglo XVI, se identifica en varios documentos históricos al poblado como Iztacchichimecapan, en los que parece a veces corresponder al Cerro de La Cruz y en otros al Cerro de La Venta, localizado al Oeste del primero.
Iztacchichimecapan, junto con otros pueblos, formaban el Altépetl; es decir, la unidad geográfica-política y económica integrada por varios pueblos que guardan un orden jerárquico, perteneciente a Xilotepec, actualmente conocido como Jilotepec; el cual, a su vez, era tributario de la Triple Alianza, es decir de lo que fue la última confederación de estados indígenas ubicados en el Valle de México, hasta la caída del imperio Mexica el 13 de agosto de 1521.
Las principales referencias históricas del siglo XVI, acerca del poblado de San Juan del Río, las encontramos en la Relación de Querétaro, documento escrito por Francisco Ramos de Cárdenas en el año 1582, donde menciona datos sobre la gente que habitaba en estas regiones, sus costumbres, lengua, etc.
En este documento se indica que San Juan del Río fue poblado poco después de la conquista de Tenochtitlan por otomíes procedentes de Jilotepec; y, de acuerdo con la descripción, se puede reseñar el nombre antiguo del Cerro de La Cruz en nahua: Iztacchichimecapan. Término que es un topónimo compuesto por dos vocablos, el primero de ellos; Iztac, es un adjetivo de color blanco, conocido actualmente por su aplicación al volcán iztaccíhuatl, que significa «mujer blanca». Mientras que en «chimecapan», a su vez, está compuesto por dos palabras, donde «apan» es un sufijo incorporado a las radicales nominales, para formar algunos topónimos, mientras que «chichimeca» es un referente plural «de los perros», aludiendo al grupo étnico que vivía en la región chichimeca que comprendía los actuales estados de Hidalgo, Querétaro, México, Guanajuato, San Luis Potosí, Tamaulipas, Nuevo León, Coahuila, Zacatecas, Aguascalientes, Durango y Chihuahua.
El Cacique de la tierra de «chichimecas blancos», fue un indígena llamado Mexici, quien posteriormente recibió el nombre cristiano de Juan al ser bautizado inmediato a la conquista española.
La Relación de Querétaro de 1582 precisa lo siguiente: “El pueblo de San Juan del Río fue fundado por un indio de la generación de los otomíes, natural del pueblo y cabecera de Jilotepec; que, habiendo recibido el agua del santo bautismo, lo llamaron Don Juan, y tomó por sobrenombre su nombre primero que tenía en su gentilidad, que era Mexici, que quiere decir ‘mexicano’; y, por otro nombre, ‘poquito’. Éste, viendo que los españoles habían ganado a México Tenochtitlan y su provincia de Jilotepec, acordó de retirarse hacia la tierra de los chichimecas, y pobló junto a un río, a donde ahora está poblado el dicho pueblo de San Juan, en donde hay un cerrillo algo pelado que, en lengua mexicana, se nombra Iztac Chichimecapan, que quiere decir en lengua española ‘chichimecas blancos’ y, más cómodamente, ‘tierra blanca de chichimecos’, porque aquella tierra donde está asentado el pueblo de dicho San Juan, es tierra blanca muy dura, que, con picos, no se puede romper si no es con dificultad; el tepetate”.
Por diversas crónicas es sabido que, en 1526, Mexici asentó a su gente en un lugar de tierra caliza y tepetatosa, junto a unos sabinos que estaban a las orillas del río, así que cuando los pacificadores llegaron al lugar, ya había desde años atrás, gente conocida de ellos habitándolo, siendo el mismo Mexici, quien rindiera a su pueblo ante la comitiva que venía en representación de la Corona de Castilla. Según la tradición, San Juan del Río fue fundado por los ibéricos el miércoles 24 de junio del año 1531, sin que mediara resistencia de los indios para ello, debido según Ayala Echávarri, a que los europeos llegaron acompañados de caciques otomíes vinculados con habitantes del lugar, se puede considerar esta fundación pacífica, ya que, tanto el grupo de Mexici como el invasor eran de la nación otomí, aquí se habla de Nicolás de San Luis Montañez, quien estuvo en la fundación de San Juan del Río, Tequisquiapan y Huimilpan, pero no en la de Querétaro.
los europeos y sus aliados indígenas procedentes de Jilotepec, quienes llegaron días previos al 24 de junio y aguardaron al día de San Juan Bautista para establecer el poblado. Para el momento de la llegada de los españoles, ya existía un pequeño núcleo poblacional establecido, por lo menos 20 años antes en estas tierras, persistente de uno mayor en épocas clásicas.
La fundación de San Juan del Río fue anterior a la de Querétaro; sin embargo, al igual que esta población tiene sus orígenes en el período prehispánico, según el indígena aliado de los españoles: Nicolás de San Luis Montañez, en su Relación fechada el 6 de febrero de 1554, impresa una copia en el Siglo XVIII y dada a conocer en el Siglo XIX, pacificadores salieron de Jilotepec rumbo a Iztacchichimecapan, de la siguiente manera: todo el batallón militar iba asesorado por un pequeño núcleo de soldados castellanos así como de uno o dos religiosos, guiada la expedición con perros de Cristo, llevando las armas reales y un estandarte que tenía estampadas las imágenes de Santiago Apóstol y la Santa Cruz. Don Alonso de Granada y Don Alfonso Guini llevaban las estampas del Espíritu Santo y San Juan Bautista, respectivamente. Don Miguel de Bocanegra traía la estampa de la Purísima Concepción, más atrás, iba el capitán de guerra; Don Martín Arco y Flecha, apellidado también Moctezuma, llevaba de vestidura un peto; y, en sus brazos y pies ostentaba unos brazaletes de bronce, cubriendo su cuerpo enteramente con un cuero de venado. En la cabeza llevaba un casco de bronce con una pluma blanca en señal de paz, cargado además con las armas de su gentilidad.
Entraron a lo que ahora es el centro de la población el día 24 de junio de 1531, y ese mismo día se dijo misa y, después de celebrada, se congregaron todos y acto seguido se levantó el Fiscal Mayor, que posiblemente haya sido alguno de los indios principales acompañantes de San Luis Montañez; y, les dijo que tuvieran fuerzas para la empresa que habían empezado en nombre del Rey de España, que asimismo le pidieran a Dios fuerzas para seguir adelante. Dijo el Fiscal que era día de San Juan Bautista, y que en el paraje donde estaban, había unos ojos de agua, así que por lo tanto debía de ser allí fundado el pueblo, y que debería llamarse el pueblo de San Juan del Río, por el caudaloso río que pasa a sus orillas. Con este hecho, todos gritaron de contento. A las 02:00 horas de la tarde, se ordenó hacer el paseo, trazándose las calles del pueblo que fueron cuatro, en el llanito donde se dijo la misa.
Las calles debían trazarse formando un cuadro, por lo que venían a resultar 8 calles. Se hizo el fundo del pueblo y en una enramada que también se fabricó, se hizo la primera misa; asimismo, se edificó la primera capilla. Su fundo debía de tener 2,500 varas cuadradas, y señalaron en cada una de las esquinas del fundo unas cruces de sabino verde. De esta manera quedó fundado el pueblo de San Juan del Río, el 24 de junio de 1531.
